وب سرور سرورهای ویندوزی IIS و وب سرور سرورهای لینوکس Apache می باشد، هزینه سیستم عامل های ویندوزی عموما بیشتر از از سیستم عامل های لینوکسی است، چراکه سیستم عامل های ویندوزدارای سورس باز نبوده و استفاده از آنها نیاز به خرید لایسنس ویندوز سرور از شرکت مایکروسافت را دارد . ضمن اینکه معمولاً سرورهای ویندوز دارای قابلیت های بیشتری نسبت به لینوکسی هستند و پشتیبانی از محصولات Microsoft بر روی این وب سرورها یک مزیت محسوب می شود. اما سیستم عامل لینوکس دارای سورس باز و کاملا رایگان می باشد . و برای استفاده از آن نیازی به پرداخت هزینه نیست .
ضمنا با توجا به این 2 سیستم عامل می توان تفاوت آنها را به شرح زیر توضیح داد:
سیستم عامل های ویندوز و لینوکس با دقت به هدف کاربر ازنظر طراحی سایت و برنامه ای که برای آن سایت در نظر دارد از هم متمایز می گردند .
سیستم عامل ویندوز از زبانهای ASP و ASP.NET پشتیبانی می نماید که صاحب امتیاز آن کمپانی مایکروسافت می باشد . ASP تنها در سرورهای ویندوز قابل اجرا بوده و سرور لینوکس این زبانها را پشتیبانی نمی کند.
سیستم عامل لینوکس از زبانهای Perl , Python , PHP و CGI پشتیبانی نموده که زبان PHP در برخی از سرورهای ویندوز قابل اجرا می باشد ، اما PHP نصب شده بر روی سرور ویندوز در برخی موارد مشکلاتی را به وجود آورده و گاهی به درستی کار نمی کند .
عموما برای وبسایت هایی که با ASP طراحی شده اند از بانک اطلاعاتی SQL Server استفاده شده و برای PHP و لینوکس از بانک اطلاعاتی My SQL استفاده می گردد .
انتخاب یکی از سیستم عامل های ویندوز و لینوکس در ابتدا نیاز به درخواست کاربر ازنوع طراحی وب سایت داشته و با توجه به زبان برنامه نویسی طراحی سایت، سیستم عامل انتخاب می گردد . درصورتیکه برای طراحی سایت از سیستم های مدیریت محتوا (CMS) استفاده شود، ابتدا می بایست مشخصات مورد نیاز CMS بررسی شده و با توجه به آن سیستم عامل انتخاب گردد .
کنترل پنل های پلسک (Plesk)، هلم (Helm) ،وب سایت پنل (websitepanel ) و هاستینگ کنترولر (Hosting Controller) برای سرور های ویندوزی و کنترل پنل های سی پنل (Cpanel)، دایرکت ادمین (DirectAdmin)، پلسک (Plesk) و کلوکزو (Kloxo) برای سرور های لینوکسی عموما استفاده می گردد .
هردو سیستم عامل ویندوز و لینوکس دارای سرعت های یکسان بوده چرا که معمولاً اکثر سرورها از سخت افزارهایی در یک سطح استفاده می نمایند.کنترل پنل های پلسک (Plesk)، هلم (Helm) ،وب سایت پنل (websitepanel ) و هاستینگ کنترولر (Hosting Controller) برای سرور های ویندوزی و کنترل پنل های سی پنل (Cpanel)، دایرکت ادمین (DirectAdmin)، پلسک (Plesk) و کلوکزو (Kloxo) برای سرور های لینوکسی عموما استفاده می گردد